De Protestantse gemeente te Barneveld is voortgekomen uit een vereniging van de gereformeerde Bethelkerk en de hervormd gemeente Immanuëlkerk.
De Bethelkerk heeft haar oorsprong in de Doleantie en is opgericht in 1887. De Immanuëlkerk komt voort uit de Hervormde Evangelisatieverening en kent als oprichtingsjaar 1953.
Na jaren van samenwerking, toenadering en weer wat meer afstand nemen is in februari 2007 een federatieovereenkomst ondertekend. Pinksteren 2012 zijn beide kerken vervolgens gefuseerd tot Protestantse gemeente Barneveld.
Sinds september 2021 wordt er gekerkt in de Emmaüskerk.
